Berhadapan dengan pasien dengan masalah kekebalan (immunocompromized) kita harus dengan cermat melakukan perhitungan antara potensi munculnya efek samping dengan kemungkinann mereka terkena PD3I berbahaya apabila tidak diimunisasi. Di satu pihak seseorang dengan immunodefisiensi tidak memberikan respons yang adequat terhadap vaksin mati, sedangkan apabila diberi vaksin hidup (LAV), kemungkinan patogen dalam vaksin yang sudah dilemahkan berpotensi menjadi patogenik.

Hampir semua jenis vaksin dalam program imunisasi rutin kecuali BCG72, tidak merupakan kontra indikasi untuk diberikan kepada anak dengan infeksi HIV yang asimptomatik. Namun, vaksin harus diberikan lebih awal dan diulang lagi pemberiannya pada kelompok anak yang terinfeksi HIV ini.

Untuk infeksi HIV/AIDS yang simptomatik semua jenis vaksin hidup (LAV) seperti campak, yellow fever tidak boleh diberikan.